御朱印帳を神社とお寺で分ける必要なんて全くありません。そんなことを気にするより神社とお寺の違いを知ったほうが先決だと思います。神社の参拝方法を知っていますか?お寺の場合はもっと複雑で各宗派で参拝の仕方は違ってきます。そういった作法を知っていますか?御朱印帳云々という前にまず基本を知るべきです。何度も言います御朱印はスタンプラリーではありません。自分の宗教観です。宗教に興味のない人には無縁です。御朱印を頂かないでください。自分の宗教は何ですか?最初は自分の菩提寺から御朱印を始めてみませんか?そして日本人が古来から持っている宗教観である神仏習合に立ち返ってみようと思いませんか?神社とお寺の両方で御朱印を頂くなら宗教観は神仏習合でいいはずです。その場合別に御朱印帳を分ける必要なんかありません。神社とお寺を分けないと失礼と思っている人もいると思いますが全然失礼ではありませんので心配なく。ですが稀に神社とお寺を分けてないと御朱印を頂けない場所もあります。そういう排他的な場所にはあまり行かないほうがいいです。自分の考え以外を認めないというのは排他的の宗教ではよくあることです。そういう場所に行くと洗脳されかれないので注意しましょう。